Многолетнее (чаще двулетнее) травянистое растение высотой до 1,5 м семейства Яснотковые (Lamiaceae). Корень стержневой, разветвленный, глубиной до 2 м. Стебель четырехгранный, сверху метельчато-ветвистый, толщиной 1-2 см. Листья крупные, яйцевидные, двоякозубчатые, опушенные. Цветки крупные, от розовато-фиолетовых до светло-синих и белых, расположены в шести цветковых мутовках на длинных (50-60 см) колосообразных ветвях соцветий. Семена мелкие (длиной до 2,5мм), округлые, темно-коричневые. Цветет в июне - августе на протяжении 25-30 дней. Стебель ежегодно отмирает. Шалфей мускатный обладает ценным ароматом амбры и мускуса, поэтому его используют в парфюмерии.Им приправляют салаты, супы, овощи, мясо, рыбу, птицу, сладкие блюда. Эфирное масло и семена шалфея мускатного употребляют при изготовлении выпечки. Шалфей - хороший медонос.